Wkrótce seminarium przeniosło się z powrotem do Włocławka, ale profesorowie uwolnieni z Dachau nie wracali. Pozostał ksiądz Wyszyński i kilku profesorów. 25 marca 1946 r. ksiądz kardynał August Hlond wezwał do Poznania księdza Wyszyńskiego i oznajmił mu wolę Stolicy Apostolskiej, że ma być ordynariuszem diecezji lubelskiej. Ksiądz Wyszyński był zaskoczony, poprosił o czas do namysłu. Nie czuł się przygotowany do takiej pracy, a poza tym trudno mu było zostawić seminarium, skoro jeszcze nie było profesorów. Rano kardynał Hlond zwrócił się do księdza Wyszyńskiego słowami: Ojcu Świętemu się nie odmawia. Ksiądz Wyszyński wyraził zgodę. Do końca życia wypominał sobie to, że nie zawierzył od razu.
Człowiek nie jest nigdy dobrze przygotowany do zadania, które mu jest z nagła zlecone. I ja miałem wiele wątpliwości. Dlatego też ociągałem się z naśladowaniem Matki Chrystusowej, która od razu powiedziała: ‘Oto ja służebnica Pańska’. Ja się na to tak szybko nie zdobyłem. Myślałem zbyt po ludzku, pamiętałem o własnej nieudolności, a zapomniałem o tym, co Bóg zdolny jest uczynić, posługując się takimi narzędziami, jakie On sobie wybiera. (Cz. n. m., s. 51)
Jako biskup lubelski otaczał serdeczną troską ludzi zgnębionych działaniami wojennymi. Jeździł po całej diecezji, docierał do najdalszych i najbardziej niebezpiecznych jej zakątków, wizytował parafie, bierzmował nieraz tysiące ludzi. Przez lata wojny było wiele zaniedbań. Drogi często były nieprzejezdne. Do wielu miejsc dojeżdżał konną bryczką. Odwiedzał też najbiedniejsze dzielnice Lublina, odwiedzał wiernych w ruinach domów. Potrafił w Wielki Piątek zajrzeć do knajpy w Lublinie, aby zapytać mężczyzn, co tam robią w takim dniu. Otrzymał rozbrajającą odpowiedź: „Nasze kobiety sprzątają, gotują, pieką ciasta, a my nie chcemy im przeszkadzać”. Widok biskupa w takim miejscu przyprowadził ich do trzeźwości. Biskup lubelski był oparciem dla ludzi prześladowanych politycznie, upominał się o więźniów, czynił wszystko, aby ratować ich od wyroków śmierci za udział w Armii Krajowej, czy w oddziałach partyzanckich. Sam Bóg pomnażał jego siły i wyznaczał coraz trudniejsze zadania. W roku 1948 umiera Prymas August Hlond. Biskup Wyszyński zapisał w swoich notatkach:
Tak często radowałem się myślą, że w niezwykle trudnej sytuacji Kościoła w Polsce, błogosławieństwem jego jest Sternik, pewną dłonią prowadzący poprzez męki. Człowiek czuł się dziwnie spokojny w pobliżu prymasa Hlonda. A teraz coś się zawaliło. Runął mur oporowy. Kto teraz będzie antemurale (przedmurzem). Lublin 22.X.1948. Pro memoria.
Pisząc te słowa nie wiedział, że odtąd on będzie tym sternikiem prowadzącym kościół w Polsce. A stało się tak na prośbę umierającego prymasa Hlonda, który przed śmiercią podyktował bp. Antoniemu Baraniakowi, swojemu sekretarzowi, list do Ojca Świętego Piusa XII prosząc, aby jego następcą mianował biskupa lubelskiego Stefana Wyszyńskiego.
Wszyscy oczekiwali, jaki będzie ten nowy Prymas. Kiedy zwrócił się do swoich diecezjan: Umiłowane Dzieci Boże, Dzieci moje!, wierni odetchnęli , poczuli, że mają Ojca.